Cette mauvaise saison ainsi que des suspicions de fraude lors de l’élection de juillet 2006 poussent Ramón Calderón à présenter sa démission au début de l’année 2009, moins de 3 ans après être arrivé à la tête du club. Depuis septembre 2009, le joueur le plus capé de l’histoire du club en Liga est Raúl avec 550 matchs joués. L’entraîneur italien remet le Real sur les bons rails en permettant au club de remporter la Liga à égalité de points mais avec une meilleure différence de but particulière face au FC Barcelone. Il ne peut néanmoins pas empêcher la perte du titre en Liga pour le Real qui encaisse au passage une lourde défaite lors du Clásico à Bernabéu (2-6) et est une nouvelle fois éliminé en 1/8e de finales de la Ligue des champions face à Liverpool. L’entraîneur Bernd Schuster, défaitiste avant le premier Clásico de la saison, est limogé et remplacé par l’espagnol Juande Ramos qui avait permis au FC Séville de remporter 2 Coupes de l’UEFA consécutives. Le club remporte deux fois la Coupe UEFA, en 1985 et 1986, cinq Liga consécutives entre 1986 et 1990 (un record), une Coupe d’Espagne en 1989 et bat un bon nombre de records en Espagne (plus grand nombre de victoires dans une saison de Liga, plus grand nombre de buts marqués en une saison, etc.).
Le nouveau président Florentino Pérez fait face à une situation financière catastrophique : la dette du club atteint 1,8 milliard de francs, dont de nombreuses créances immédiates, au point de faire craindre pour l’avenir du club. La nouvelle élimination du club en 1/8e de finales de la Ligue des champions face au Bayern Munich a aussi été mal digérée. Cependant le Real déçoit toujours au niveau européen, ayant encore été éliminé au stade des 1/8e de finales par l’AS Rome. Finalement, le 2 mai 2012, à la suite de la victoire 3 buts à 0 contre l’Athletic Bilbao, le Real Madrid gagne officiellement son 32e titre en championnat d’Espagne. Il faut attendre 1995 pour voir le Real des Raúl, Fernando Hierro, Iván Zamorano et Fernando Redondo remporter de nouveau le championnat. Les années 1970 sont également excellentes au niveau national, puisque le Real Madrid conquiert la Liga cinq nouvelles fois, ainsi que la Coupe nationale à trois reprises – que ce soit encore sous la direction de Miguel Muñoz, qui quitte le Real en 1974 après seize saisons sur le banc, le Yougoslave Miljan Miljanić puis Luis Molowny, grand joueur du Real du début des années 1950. La très décevante saison 1976-1977 est rattrapée dès l’année suivante par un nouveau titre de champion – le 18e du club.
Sous la direction de Muñoz, le club poursuit sa domination sur le football espagnol : durant les années 1960, le club remporte huit fois le championnat d’Espagne – et quand il n’y parvient pas, en 1960 et 1966, il remporte Coupe nationale et Coupe d’Europe. C’est un record pour un club espagnol. Le 3 juin 2015, Carlo Ancelotti est limogé du Real Madrid a la suite d’une saison 2014-2015 sans titres majeurs, c’est donc l’espagnol Rafael Benítez qui est nommé pour 3 saisons. Entre 1961 et 1989, lorsque le Real dominait la Liga, seul l’Atlético offrait une certaine opposition puisqu’il remporta la Liga en 1966, 1970, 1973 et 1977. En 1965, l’Atlético devint la première équipe à battre le Real Madrid depuis huit ans. Les autres candidats qui s’étaient présentés face à lui se retirent peu à peu, faute de moyens financiers ou prévoyant une large victoire de Pérez, largement soutenu. Le 18 décembre, le Real termine son année 2016 en remportant un 3e titre international, la Coupe du monde des clubs, face au club Japonais Kashima Antlers en prolongations grâce notamment au triplé de Cristiano Ronaldo. Le 2 mai 1962 à Amsterdam, le Real retrouve en finale de la Coupe d’Europe le Benfica d’Eusébio.
Cette saison-là, le jeu du Real est encore plus spectaculaire. En Coupe d’Espagne, il est sévèrement battu dès les 1/16e de finales par le modeste club de 3e division Alcorcón et en Ligue des champions, il est éliminé pour la sixième année consécutive en 1/8e de finales par l’Olympique lyonnais. De plus, le Real n’avait plus échoué en huitième de finale depuis la saison 2009/2010 face à l’Olympique lyonnais. En 1983, malgré le retour de l’idole Alfredo Di Stéfano sur le banc, le Real termine 2e du championnat et s’incline en finale de la Copa et de la Coupe des coupes face aux Écossais d’Aberdeen. Malgré ces dépenses, le Real Madrid termine la saison 2009-2010 sans gagner aucun titre et offre deux visages bien différents. Malgré ces deux triomphes européens, Lorenzo Sanz perd les élections à la présidence en 2000, du fait de son interventionnisme dans la politique sportive (sept entraîneurs se sont succédé pendant ses cinq ans au club) et des dettes colossales cumulées par le club. Le Real poursuit sa remontée à la suite de l’arrivée de Lorenzo Sanz à la présidence en 1995, qui attire en 1996 l’entraîneur vedette du Milan AC Fabio Capello. Florentino Pérez, déjà président entre 2000 et 2006, se présente officieusement puis officiellement comme candidat à la présidence.
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